1586 wird der Gasthof erstmals urkundlich erwähnt, er dürfte jedoch schon viel früher, wahrscheinlich kurz nach der Erbauung der Seeburg im Jahre 1430 erbaut worden sein. In der Chronik lautet der Name des Gasthofes auf Bierwirt, der Zeitpunkt der Umbenennung in Gasthof Zur Seeburg ist nicht genau bekannt. Die damaligen Besitzer erwerben kurz nach der Erbauung auch Fischrechte für den angrenzenden See. 1743 wird der anerkannte Baumeister, Bildhauer und Fischer Jakob Hitzl aus Neumarkt als Wirt angeführt. Er erbaut auch die Kirchenkanzel in der Stiftkirche Seekirchen. Zu dieser Zeit bildet der Gasthof, der Jonshof (heute Jonsenbauer) und die Schloßmühle (heute Zipfwirt) zusammen mit dem Schloß, eine Besitzeinheit. 1764 wird Christoph Treiber, der gleichzeitig Oberwaldmeister im Dienst des Seeburggrafen Ernst Friedrich von Lodron ist, als Wirt zur Seeburg genannnt. 1794 wird das Anwesen durch Heirat dem Bräubesitz Seekirchen eingegliedert. 1899 kauft die Familie Ibertsberger den Gasthof. 1912 erwirbt die Familie Spatzenegger das gesamte Anwesen und bewirtschaftet es. 1978 übergeben die Besitzer Franz und Elisabeth Spatzenegger den Gasthof ihrem ältesten Sohn Franz und dessen Gattin Friederike. 2001 entscheidet sich der Juniorchef Jürgen Spatzenegger den Gasthof zur Seeburg erstmals ins Internet zu bringen und gibt die Erstellung dieser Website in Auftrag ;-)